In carob11/NinaValley: Graph Valley

knitr::opts_chunk$set(
  collapse = TRUE,
  comment = "#>"
)

Graph Valley forma parte de un método de predicción de sitios de pegado de factores transcripcionales (TFBS) que utiliza datos de ChIP-Seq actuales, desarrollado por Gabriel Balsas.Este m´rtodo esta basad en el trabajo Stephen A. Ramsey.

Vignette Info

Este paquete tiene como objetivo graficar los datos que se obtuvieron del cálculo de valles a partir de datos de ChIP-seq. Para ello es necesario correr el programa NinaScan desarrollado en Javascript. Este programa se alimenta de archivos tipo bed obtenidos a partir de bedtools coverage donde se almacenan los picos del experimento de ChIP-seq.Este prpgarma genera archivos tipo .bedr donde se encuentran los reportes de los cálculos de los valles.

Graph Valley usa ggplot2 para realizar los gráficos.

Graph Valley genera imagenes en formato .png y genera archivos pdf.

Styles

The html_vignette template includes a basic CSS theme. To override this theme you can specify your own CSS in the document metadata as follows:

output: 
  rmarkdown::html_vignette:
    css: mystyles.css

Figures

The figure sizes have been customised so that you can easily put two images side-by-side.

plot(1:10)
plot(10:1)

You can enable figure captions by fig_caption: yes in YAML:

output:
  rmarkdown::html_vignette:
    fig_caption: yes

Then you can use the chunk option fig.cap = "Your figure caption." in knitr.

More Examples

You can write math expressions, e.g. $Y = X\beta + \epsilon$, footnotes^[A footnote here.], and tables, e.g. using knitr::kable().

knitr::kable(head(mtcars, 10))

Also a quote using >:

"He who gives up [code] safety for [code] speed deserves neither." (via)

carob11/NinaValley documentation built on May 9, 2019, 7:32 p.m.